O Conselho Pedagógico é responsável por definir e supervisionar a política pedagógica da graduação da Escola de Medicina e programas de pós-graduação.
O Conselho Pedagógico é composto por representantes dos Docentes e dos estudantes. Coordena, ainda, as Comissões de Curso.
A composição atual do Pedagógico é:
Presidente
Joana Almeida Pacheco Palha
Diretor do curso de Medicina com mestrado integrado
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Representante dos diretores dos programas do 2.º e 3.º ciclos promovidos pela Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel
Representantes dos coordenadores de áreas científico-pedagógicas da Escola
António Jaime Botelho Correia de Sousa
Fernando José Santos Rodrigues
Jorge Manuel Rolo Pedrosa
Coordenador da Unidade de Educação Médica
José Miguel Gomes Moreira Pêgo
Representantes dos estudantes do curso de Medicina com mestrado integrado
Bruno Miguel Magalhães Marques Teixeira
Carolina Vasconcelos Caminata
Flávia Filipa Ribeiro Freitas
Maria do Mar Lopes Mateus da Costa
Rita Matos Sousa
Rui Jorge Sousa da Silva
Representantes dos estudantes dos restantes programas dos 2.º e 3.º ciclos da Escola
Sofia Pereira das Neves
Sónia Isabel Nunes Guerra Gomes
