O Conselho Pedagógico é responsável por definir e supervisionar a política pedagógica da graduação da Escola de Medicina e programas de pós-graduação.
O Conselho Pedagógico é composto por representantes dos Docentes e dos estudantes. Coordena, ainda, as Comissões de Curso.
A composição atual do Pedagógico é:
Presidente
Cristina Isabel Nogueira Silva
Diretor do curso de Medicina com mestrado integrado
João Miguel Seiça Bessa Peixoto
Representante dos diretores dos programas do 2.º e 3.º ciclos promovidos pela Escola
Fernando José Santos Rodrigues
Representantes dos coordenadores de áreas científico-pedagógicas da Escola
Joana Almeida Santos Pacheco Palha
Jorge Manuel Rolo Pedrosa
Representantes dos professores de carreira
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Maria Fátima Monginho Baltazar
Coordenador da Unidade de Educação Médica
António Gil Pereira Castro
Representantes dos estudantes do curso de Medicina com mestrado integrado
Ana Ribeiro Ferreira
Ana Sofia Rodrigues Ribeiro
André Madureira Baptista Saleiro e Castro
Catarina Maria Gomes Costa
Diogo Nunes de Sousa
Marta Isabel Paredes Maneca
Representantes dos estudantes dos restantes programas dos 2.º e 3.º ciclos da Escola
Jaime Nuno Figueira Martinho Oliveira
João Vitor Lemos Afonso
