O Conselho Pedagógico é responsável por definir e supervisionar a política pedagógica da graduação da Escola de Medicina e programas de pós-graduação.
O Conselho Pedagógico é composto por representantes dos Docentes e dos estudantes. Coordena, ainda, as Comissões de Curso.
A composição atual do Pedagógico é:
Presidente
Cristina Isabel Nogueira Silva
Diretor do curso de Medicina com mestrado integrado
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Representante dos diretores dos programas do 2.º e 3.º ciclos promovidos pela Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel
Representantes dos coordenadores de áreas científico-pedagógicas da Escola
Fernando José Santos Rodrigues
João Miguel Seiça Bessa Peixoto
Jorge Manuel Rolo Pedrosa
Coordenador da Unidade de Educação Médica
António Gil Pereira Castro
Representantes dos estudantes do curso de Medicina com mestrado integrado
Ana Ribeiro Ferreira
André Madureira Baptista Saleiro e Castro
Francisco José da Silva Matos
Joana Catarina da Costa Cerdeira Fernandes Lopes
José Luís da Costa Rodriguez
Rita Isabel Fernandes da Costa
Representantes dos estudantes dos restantes programas dos 2.º e 3.º ciclos da Escola
João Filipe Oliveira Viana
Nuno Gabriel Silva Gonçalves
