​​​​​​​​O Conselho da Escola é o órgão representativo colegial responsável pela gestão e coordenação geral da Escola.  

O Conselho da Escola é composto por representantes dos docentes, investigadores, estudantes, pessoal não-docente e não-investigadores. 

Atualmente,  o presidente do Conselho de Escola é o Doutor António Salgado.

A composição atual do órgão é:

Representante da comissão diretiva da subunidade centro de investigação associado à Escola
Jorge Manuel Nunes Correia Pinto

Representantes dos coordenadores das subunidades áreas científico-pedagógicas da Escola
Fernando José Santos Rodrigues 
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
João Miguel Seiça Bessa Peixoto

Representante dos diretores dos diferentes ciclos de estudos da Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel 

Representantes dos professores de carreira
António Gil Pereira Castro
Cristina Isabel Nogueira Silva
Patrício Ricardo Soares Costa
Vítor Hugo Eira Pereira

Representante dos investigadores doutorados
António José Braga Osório Gomes Salgado
Agostinho Albérico Rodrigues Carvalho

Representante do pessoal não-docente e não-investigador
Sandra Maria Teixeira Coutinho Pereira

Representante dos estudantes do Curso de Medicina com mestrado integrado 
João Pedro Sousa Silva
Patrícia Santos Araújo

Representante dos estudantes inscritos nos restantes programas de 2.º e 3.º ciclo
Caroline Isabel Borges Pereira