O Conselho da Escola é composto por representantes dos docentes, investigadores, estudantes, pessoal não-docente e não-investigadores. 

Atualmente,  o presidente do Conselho de Escola é o Professor ​​Fernando Rodrigues.

A composição atual do órgão é:

Representante da comissão diretiva da subunidade centro de investigação associado à Escola
João Carlos Cruz Sousa

Representantes dos coordenadores das subunidades áreas científico-pedagógicas da Escola
António Jaime Botelho Correia de Sousa
Fernando José Santos Rodrigues
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira

Representante dos diretores dos diferentes ciclos de estudos da Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel 

Representantes dos professores de carreira
Cristina Isabel Nogueira Silva
João Miguel Seiça Bessa Peixoto
Patrício Ricardo Soares Costa
Vítor Hugo Eira Pereira

Representantes dos investigadores doutorados
Bruno Filipe Marques da Costa
Sandra Maria Araújo Costa

Representantes dos alunos do curso de Medicina com mestrado integrado
Filipa da Silva Rabaldo
Rui Jorge Sousa da Silva

Representante dos alunos inscritos nos restantes programas dos 2.º e 3.º ciclos da Escola 
Caroline Isabel Borges Pereira

Representante do pessoal não-docente e não-investigador
Sandra Maria Teixeira Coutinho Pereira