O Conselho da Escola é composto por representantes dos docentes, investigadores, estudantes, pessoal não-docente e não-investigadores. 

Atualmente,  o presidente do Conselho de Escola é o Prof. João Carlos Sousa.

A composição atual do órgão é:

Representante da comissão diretiva da subunidade centro de investigação associado à Escola
Maria Fátima Monginho Baltazar

Representantes dos coordenadores das subunidades áreas científico-pedagógicas da Escola
Fernando José Santos Rodrigues 
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
João Miguel Seiça Bessa Peixoto

Representante dos diretores dos diferentes ciclos de estudos da Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel 

Representantes dos professores de carreira
António Gil Pereira Castro
João Carlos Cruz Sousa
Paula Cristina Costa Alves Monteiro Ludovico
Vítor Hugo Eira Pereira

Representante dos investigadores doutorados
Agostinho Albérico Rodrigues Carvalho
Ana João Gomes Rodrigues

Representante do pessoal não-docente e não-investigador
Sandra Maria Teixeira Coutinho Pereira

Representante dos estudantes do Curso de Medicina com mestrado integrado 
João Belmiro Baptista Martins
Ricardo Jorge Silva Rodrigues

Representante dos estudantes inscritos nos restantes programas de 2.º e 3.º ciclo
Ana Margarida Silva Gonçalves