O Conselho da Escola é o órgão representativo colegial responsável pela gestão e coordenação geral da Escola.
O Conselho da Escola é composto por representantes dos docentes, investigadores, estudantes, pessoal não-docente e não-investigadores.
Atualmente, o presidente do Conselho de Escola é o Prof. João Carlos Sousa.
A composição atual do órgão é:
Representante da comissão diretiva da subunidade centro de investigação associado à Escola
Maria Fátima Monginho Baltazar
Representantes dos coordenadores das subunidades áreas científico-pedagógicas da Escola
Joana Almeida Santos Pacheco PalhaJoão Miguel Seiça Bessa PeixotoJorge Manuel Rolo Pedrosa
Representante dos diretores dos diferentes ciclos de estudos da Escola
Patrícia Espinheira Sá Maciel
Representantes dos professores de carreira
António Gil Pereira CastroCarlos Alberto Pereira CapelaJoão José Fernandes Cardoso Araújo CerqueiraPedro Ricardo Luís Morgado
Representante dos investigadores doutorados
Agostinho Albérico Rodrigues Carvalho
Andreia Cristiana Teixeira Castro
Representante do pessoal não-docente e não-investigador
Vânia Eliana Esteves Azevedo Barbosa Martins
Representante dos estudantes do Curso de Medicina com mestrado integrado
André Madureira B aptista Saleiro e Castro
Marcílio Amaral Marcondes
Representante dos estudantes inscritos nos restantes programas de 2.º e 3.º ciclo
Jorge Humberto Esperança Fernandes