A Escola, enquanto unidade orgâ​nica de ensino e investigação estrutura-se em subunidades. São subunidades da Escola:
a) As áreas científico-pedagógicas

b) Centro de investigação associado a Escola (Instituto de Investigação em Ciências da Vida e Saúde)


SUBUNIDADES CIENTÍFICO-PEDAGÓGICAS DA ESCOLA DE MEDICINA: AS ÁREAS CIENTÍFICO-PEDAGÓGICAS

As áreas científico-pedagógicas são as subunidades organizacionais da Escola de Medicina, equivalentes aos departamentos previstos nos Estatutos da Universidade do Minho, que constituem as unidades básicas de organização e gestão dos recursos científico-pedagógicos dentro de cada área de conhecimento consolidada.
A Escola de Medicina tem cinco áreas científico-pedagógicas, legalmente reconhecidas: Ciências Fundamentais em Medicina, Ciências Clínicas, Humanidades em Medicina, Ciências dos Sistemas de Saúde e Desenvolvimento Interdisciplinar em Medicina. As atribuições das áreas científico-pedagógicas são coordenar o desenvolvimento curricular nas áreas correspondentes, e assegurar a implementação das estratégias e métodos de ensino adequados. As Áreas Científico-pedagógicasaglutinam e articulam as áreas curriculares do currículo médico promovendo a articulação entre eles, garantindo a coerência global do currículo, prestando atenção e eliminando omissões ou repetições.
Os presentes coordenadores das áreas científico-pedagógicas são: Jorge Pedrosa para as Ciências Fundamentais em Medicina; João Cerqueira para as Ciências Clínicas; João Bessa para as Humanidades em Medicina; José Miguel Pêgo para as Ciências dos Sistemas de Saúde; e Fernando Rodrigues para o Desenvolvimento Interdisciplinar em Medicina.

SUBUNIDADE DE INVESTIGAÇÃO DA ESCOLA DE MEDICINA:​ O INSTITUTO DE INVESTIGAÇÃO EM CIÊNCIAS DA VIDA E SAÚDE (ICVS)
O ICVS é um centro de investigação incorporado na Escola de Medicina, uma subunidade de acordo com os Estatutos da Escola de Medicina, onde se desenvolvem as atividades de desenvolvimento científico e tecnológico da Escola. O ICVS tem os seus próprios órgãos de governança, de acordo com as regras para as unidades de investigação integradas no Sistema Nacional de Ciência e Tecnologia, a saber, o diretor (atualmente, Jorge Correia Pinto​), o Conselho Científico, presidido pelo diretor, que integra todos os membros de doutoramento do ICVS e a Comissão de Acompanhamento Externo.