O Conselho Científico é responsável pela política científica da Escola de Medicina, nomeadamente no que diz respeito às orientações gerais para o planeamento e desenvolvimento de investigação, ensino e extensão das atividades e questões relacionadas com o recrutamento e promoção do pessoal académico.
A composição atual do Conselho Científico é:

Presidente
Nuno Sousa

Diretor da subunidade centro de investigação associado à Escola
Jorge Manuel Nunes Correia Pinto

Representantes dos professores e investigadores de carreira
António Gil Pereira Castro
Fernando José Santos Rodrigues
Joana Almeida Pacheco Palha
João Carlos Cruz Sousa
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Patrício Ricardo Soares Costa

Representante dos coordenadores dos domínios de investigação do centro de investigação associado à Escola
Maria Margarida Teles Vasconcelos Correia Neves

Representante dos coordenadores​ de áreas científico-pedagógicas
António Jaime Botelho Correia de Sousa
Jorge Manuel Rolo Pedrosa

Representante dos outros docentes e investigadores em tempo integral, detentores do grau de doutor e contratados há mais de um ano
Nuno Miguel Sampaio Osório