O Conselho Científico é responsável pela política científica da Escola de Medicina, nomeadamente no que diz respeito às orientações gerais para o planeamento e desenvolvimento de investigação, ensino e extensão das atividades e questões relacionadas com o recrutamento e promoção do pessoal académico.
A composição atual do Conselho Científico é:

Presidente
Jorge Manuel Nunes Correia Pinto

Diretor da subunidade centro de investigação associado à Escola
Patricia Espinheira Sá Maciel

Representantes dos professores e investigadores de carreira
Agostinho Albérico Rodrigues Carvalho
Cristina Isabel Nogueira Silva
Fernando José Santos Rodrigues
Joana Almeida Santos Pacheco Palha
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Jorge Manuel Rolo Pedrosa

Representante dos coordenadores de equipa temática do centro de investigação associado à Escola
Nuno Jorge Carvalho de Sousa

Representante dos coordenadores​ de áreas científico-pedagógicas
João Miguel Seiça Bessa Peixoto
José Miguel Gomes Moreira Pêgo

Representante dos outros docentes e investigadores em tempo integral, detentores do grau de doutor e contratados há mais de um ano
Ana Luísa Mendanha Falcão