O Conselho Científico é responsável pela política científica da Escola de Medicina, nomeadamente no que diz respeito às orientações gerais para o planeamento e desenvolvimento de investigação, ensino e extensão das atividades e questões relacionadas com o recrutamento e promoção do pessoal académico.
A composição atual do Conselho Científico é:

Presidente
Jorge Correia Pinto

Diretor da subunidade centro de investigação associado à Escola
vacante

Representantes dos professores e investigadores de carreira
António José Braga Osório Gomes Salgado
Cristina Isabel Nogueira Silva
João Carlos Cruz Sousa
João José Fernandes Cardoso Araújo Cerqueira
Jorge Manuel Rolo Pedrosa
Patrício Ricardo Soares Costa

Representante dos coordenadores dos domínios de investigação do centro de investigação associado à Escola
Maria Margarida Teles Vasconcelos Correia Neves

Representante dos coordenadores​ de áreas científico-pedagógicas
João Miguel Seiça Bessa Peixoto
José Miguel Gomes Moreira Pêgo

Representante dos outros docentes e investigadores em tempo integral, detentores do grau de doutor e contratados há mais de um ano
João Filipe Pedreira Oliveira