O Presidente da Escola é o órgão uninominal que dirige e representa a Escola.
​​A Presidência de Escola integra o Presidente e os Vice-Presidentes da Escola de Medicina​ e supervisiona a gestão da escola, reunindo-se semanalmente.

A composição atual é:

Nuno Sousa (Presidente)
Joana Palha (Vice-Presidente)
Jorge Pedrosa (Vice-Presidente)
Pedro Morgado (Vice-Presidente​).