O Presidente da Escola é o órgão uninominal que dirige e representa a Escola.
A Presidência de Escola integra o Presidente e os Vice-Presidentes da Escola de Medicina e supervisiona a gestão da escola, reunindo-se semanalmente.
A composição atual é:
Jorge Manuel Nunes Correia Pinto (Presidente)
Agostinho Albérico Rodrigues de Carvalho (Vice-Presidente)
Cristina Isabel Nogueira Silva (Vice-Presidente)
Fernanda Cristina Gomes Sousa Marques (Vice-Presidente)
