Esta metodologia é aplicada na parte mais significativa das unidades curriculares de natureza biológica ou biomédica. As disciplinas científicas - Anatomia, Patologia, Fisiologia, Genética, Biologia Molecular, etc. - são abordadas de forma integrada ancoradas em temas específicos. Estes podem ser parte do ciclo de vida celular (p.e., proliferação e morte celular), um sistema orgânico e funcional do corpo humano (p.e., sistema digestivo) ou um tipo de patologias (p.e., neoplasias). A integração também se reflete na organização dos Docentes e na forma de avaliação dos alunos.

 
As "aulas" são predominantemente interativas e o professor é mais um orientador do trabalho do que um "instrutor" que transmite conhecimentos. As aulas "expositivas" são preteridas em função de aulas de "autoaprendizagem", em que os alunos desenvolvem a sua aprendizagem. Têm lugar alguns seminários, essencialmente de natureza clínica desde o 1º Ano curricular.

 O trabalho é alicerçado em "objetivos de aprendizagem" que definem as metas a atingir em cada módulo. Estes encontram-se depositados na plataforma de e-learning da Escola de Medicina. O processo de aprendizagem atravessa cinco "Fases" de natureza distinta:

 Fase 1 - Apresentação e discussão de objetivos pelos alunos (que assumem papeis distintos dentro do grupo), de forma a elaborar (em colaboração com os docentes) um mapa conceptual e identificar os recursos disponíveis para atingir os objetivos definidos.

 Fase 2 - Autoaprendizagem tutorizada. Nesta Fase, a mais longa, os alunos, divididos por grupos e acompanhados pelos docentes, trabalham os recursos pedagógicos disponibilizados em diferentes ambientes (laboratorial, sala tutorial, biblioteca). A aprendizagem dos conteúdos cognitivos e o treino das competências ocorre essencialmente nesta Fase.

 Fase 3 - Certificação de que os objetivos foram atingidos: exposição e debate da evolução registada e identificação das insuficiências de aprendizagem. Durante esta Fase, os grupos de alunos em conjunto com os docentes partilham e discutem os conteúdos associados aos objetivos definidos, num ambiente interativo. Permite ainda a preparação, por parte do docente, de tutorias específicas (a decorrer na Fase 4) para colmatar as lacunas detetadas.

 Fase 4 - Autoaprendizagem tutorizada (práticas e outras atividades complementares). Precede a avaliação e nela ocorrem as tutorias referidas na Fase 3; estes trabalhos podem ter lugar em ambiente laboratorial ou em sala tutorial e, em regra, destinam-se a grupos de alunos reduzidos. Decorrem, em paralelo, tutorias individuais por via eletrónica.

 Fase 5 - Avaliação do Módulo. Período dedicado à avaliação de competências e de aquisição cognitiva.

 São avaliados formativa e continuamente os conhecimentos e as competências que constam dos "Objetivos de aprendizagem" de cada unidade curricular. Com este sistema de avaliação, o estudante acumula as qualificações obtidas nos distintos módulos de aprendizagem. As classificações em cada módulo contemplam provas escritas e provas de desempenho que são constituídas por um conjunto de tarefas de natureza prática que cada aluno deverá executar.

 A metodologia de avaliação sumativa decorre de um processo acumulativo que contempla:

 1. as classificações obtidas em cada módulo;

 2. a classificação obtida na prova de competências;

 3. a classificação na "prova integrada" (realizada no final de cada unidade curricular, abrange todos os conteúdos da área),

 4. a classificação da atitude do estudante.

 A participação no processo acumulativo de avaliação da aprendizagem é obrigatória e confere dispensa de exame final da época de exames da universidade Minho, na respetiva unidade curricular desde que o estudante cumpra cumulativamente os requisitos.