O PhDCS oferece dois planos de estudos, um de três anos (180 ECTS) e outro de quatro anos (240 ECTS). Os dois planos de estudos incluem uma unidade curricular comum, que corresponde à elaboração do projeto de tese (15 ECTS) e que tem lugar no primeiro ano. No caso do plano de estudos de 180 ECTS, os restantes ECTS (165) são totalmente dedicados à realização do projeto de tese (165 ECTS). No plano de estudos de 240 ECTS, os restantes 225 ECTS são dedicados a unidades curriculares opcionais que podem ser selecionados de uma vasta gama de oferta formativa no total de 45 ECTS e à tese (180 ECTS), a desenvolver durante os 4 anos de plano de estudos.

O programa tem uma estrutura curricular muito flexível, que permite aos estudantes escolherem o seu percurso formativo tendo em conta a formação anterior, competências, interesses e objetivos de investigação. Para tal, os estudantes podem escolher entre uma oferta formativa anual de cursos avançados oferecidos pela Escola de Medicina/ICVS (disponível aqui). Os estudantes podem ainda obter creditação de formação obtida noutra instituições. De salientar ainda que o programa incluir formação em competências transversais (que incluem preparação para entrevistas, escrita de CV e de carta de motivação, competências de comunicação, ética e integridade). Estes tópicos fazem parte de várias unidades curriculares (ex. "Metodologias de Investigação", "Ciências de Animais de Laboratório") e incluem sessões obrigatórias oferecidas na unidade curricular "Elaboração e Apresentação do Plano de Tese".