No projeto de doutoramento os estudantes desenvolvem Investigação original numa das várias áreas de excelência da Escola de Medicina, Instituto de Investigação em​ Ciências da Vida e Saúde (ICVS) e 2CA Braga - Centro Clínico Académico. Estes incidem sobre investigação básica, de translação e clínica, tendo em conta o ecossistema de investigação que é proporcionado. A diversidade dos tópicos é patente nas teses que se desenvolverem dentro do Programa de Doutoramento em Ciências da Saúde ao longo dos anos.


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