O modelo das Residências estrutura a aprendizagem clínica, que se intensifica de forma particular a partir do final do 3º ano curricular. A abordagem das Residências promove uma aprendizagem prática em contexto assistencial e favorece a consolidação e a integração de conhecimentos teóricos. Cada aluno ou grupo de alunos - com dimensões de 1 a 5 alunos - aprende a profissão médica em estabelecimentos de saúde da região, sob o acompanhamento de um tutor clínico. A aprendizagem é complementada com seminários temáticos e discussão de casos na ECS. No final das Residências espera-se que os estudantes tenham desenvolvido os conhecimentos e as competências clínicas para ingressar em qualquer "Internato de Ano Comum" do País ou nível equivalente em termos internacionais.
 
Este modelo é enriquecido pela diversidade de experiências proporcionada, por um modelo organizacional multicêntrico, que faz com que cada aluno contacte variados Serviços e Instituições Prestadoras de Cuidados de Saúde ao longo do curso - de Hospitais urbanos de grandes dimensões até Centros de Saúde em meios rurais. A aprendizagem decorre em diferentes cenários (Enfermaria, Consulta Externa, Serviço de Urgência, Bloco Cirúrgico, Hospital de Dia) nas áreas médicas afins às Residências.
 
No domínio do profissionalismo e dos comportamentos, o modelo experiencial das Residências permite o treino e o desenvolvimento da capacidade de comunicação com os doentes e entre os profissionais de saúde, promovendo a aprendizagem de atitudes em contextos reais. As Residências incluídas no Plano de estudos - Residências De Medicina, em Centros de Saúde (Medicina Geral e familiar e Saúde Pública), Cirurgia, Saúde Materno-Infantil e Psiquiatria e Saúde Mental – são complementadas por duas semanas de "Residências Opcionais", que criam oportunidades de exploração vocacional na seleção através da seleção de serviços hospitalares.
 
São avaliados os conhecimentos, as competências clínicas e o profissionalismo. Em cada Residência, existem cinco elementos de avaliação:
 
1. comportamento profissional e evolução no desempenho clínico - estes elementos são recolhidos pelos tutores clínicos com base em grelhas de avaliação elaboradas a partir de formulários adaptados de instrumentos desenvolvidos na "Jefferson Medical College";
 
2. exame e colheita de história de um doente - realizado no final de cada Residência, trata-se de uma prova sumativa avaliada por um júri clínico (escala de avaliação de competências de comunicação clínica);
 
3. provas escritas periódicas e prova escrita "integrada" no final da Residência.